Khoa Dược, tiền thân là Bộ môn Dược lý, được thành lập theo Quyết định số 1053/QĐ-TĐHYKPNT ngày 03 tháng 04 năm 2017.
Hiện nay, Khoa Dược có tổng cộng 35 giảng viên, cán bộ công nhân viên chức, trong đó trên 68% có trình độ sau đại học, cụ thể gồm 01 Giáo sư, 02 Phó giáo sư, 08 Tiến sĩ, 02 Dược sĩ Chuyên khoa cấp 2, 11 Thạc sĩ, 11 Dược sĩ/Cử nhân/Trình độ khác. Ngoài ra, Trường còn có các giảng viên thỉnh giảng gồm các Phó giáo sư, Tiến sĩ chuyên ngành Dược – Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh, các Cơ sở thực hành – nghiên cứu và các Bệnh viện trong mối quan hệ hợp tác Viện – Trường tại TP. Hồ Chí Minh.
Khoa Dược gồm 01 Văn phòng Khoa Dược và 05 bộ môn trực thuộc: (1) Bộ môn Hóa chuyên ngành; (2) Bộ môn Thực vật - Dược liệu; (3) Bộ môn Bào chế - Sinh dược học; (4) Bộ môn Dược lý - Dược lâm sàng; (5) Bộ môn Quản lý - Kinh tế dược.