Với tầm nhìn trở thành trung tâm đào tạo – nghiên cứu hàng đầu Việt Nam và các nước trong khu vực khu vực trong nghiên cứu và thực hành sử dụng thuốc an toàn, hợp lý, Khoa Dược – Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đặc biệt chú trọng nâng cao số lượng và chất lượng của nghiên cứu khoa học. Trên cơ sở xác định những hướng nghiên cứu ưu tiên, Khoa đã thành lập các nhóm nghiên cứu ở nhiều lĩnh vực dược, bao gồm khoa học dược (Pharmaceutical Science) và chăm sóc dược (Pharmaceutical Care). Bằng những biện pháp thiết thực như xây dựng hệ thống phòng thí nghiệm đạt chuẩn ISO, hợp tác với các cơ sở sản xuất, kiểm nghiệm thuốc, cơ sở khám chữa bệnh, tập trung đầu tư cho các nghiên cứu, chủ trương tăng số công bố quốc tế trên các tạp chí chuyên ngành uy tín…, Khoa Dược đã và đang cho thấy tiềm lực mạnh mẽ trong hoạt động nghiên cứu nói chung và khoa học dược nói riêng.
* Nhóm nghiên cứu Dược lâm sàng – Dược bệnh viện
Tên tiếng Anh: Hospital and Clinical Pharmacy
Trưởng nhóm: TS. DS. Võ Thị Hà
Hướng nghiên cứu chính: Xây dựng mô hình dược lâm sàng tại cơ sở khám chữa bệnh; Triển khai các giải pháp nâng cao chất lượng điều trị và sự hài lòng của người bệnh.
* Nhóm nghiên cứu Bào chế và Công nghệ Dược phẩm
Tên tiếng Anh: Pharmaceutics and Pharmaceutical Technology
Trưởng nhóm: PGS. TS. DS. Nguyễn Đăng Thoại
Hướng nghiên cứu chính: Tối ưu hóa công thức thuốc; Phát triển các dạng bào chế mới (hệ nano, hệ vi tự nhũ), các dạng bào chế hiện đại chứa cao chiết dược liệu;
* Nhóm nghiên cứu Quản lý – Kinh tế Dược
Tên tiếng Anh: Economic and Administrative Pharmacy
Trưởng nhóm: TS. DS. Võ Quang Trung
Hướng nghiên cứu chính: Chi phí điều trị và gánh nặng bệnh tật; Ngưỡng chi trả cho vaccine và các dịch vụ y tế; Đánh giá công nghệ y tế.
* Nhóm nghiên cứu Hóa dược, Kiểm nghiệm và Độc chất học
Tên tiếng Anh: Pharmaceutical Chemistry, Drug Quality Control and Toxicology
Trưởng nhóm: TS.DS. Trương Quốc Kỳ
Hướng nghiên cứu chính: Xây dựng quy trình kiểm nghiệm nguyên liệu hóa dược, bán thành phẩm và thành phẩm thuốc bằng các phương pháp mới, hiện đại.
* Nhóm nghiên cứu Dược liệu và hóa hợp chất tự nhiên
Tên tiếng Anh: Herbal medicine and Medicinal chemistry
Trưởng nhóm: ThS .DS. Phạm Hoàng Anh
Hướng nghiên cứu chính: Xây dựng tiêu chuẩn kiểm nghiệm dược liệu; Thử hoạt tính sinh học và tối ưu hóa quy trình chiết xuất các hợp chất từ dược liệu.
* Nhóm nghiên cứu Dược lý phân tử
Tên tiếng Anh: Pharmacology and Molecular Medicine
Trưởng nhóm: ThS. DS. Nguyễn Hoài Nam
Hướng nghiên cứu chính: Thiết kế các mô hình thử hoạt tính sinh học của thuốc trên động vật.