Hợp tác là nền tảng để phát triển nhất là đối với ngành dược, một ngành đặc biệt quan trọng trong chăm sóc sức khỏe người dân. Ngoài hợp tác quốc tế, Khoa Dược cũng chú trọng đến việc hợp tác với các cơ quan quản lý, các cơ sở đào tạo, kiểm nghiệm, các bệnh viện hay các công ty Dược.
Khoa Dược đã hợp tác chặt chẽ với Sở y tế trong việc cập nhật kiến thức cho Dược sĩ đồng thời góp phần trong việc thi hành Luật Dược. Sự hợp tác giữa Sở Y tế với Khoa Dược giúp các sinh viên, học viên tiếp cận nhanh với các chính sách quản lý, hiểu và thực hiện đúng theo pháp luật. Ngoài ra, đây là điều kiện để các cán bộ giảng viên cập nhật các thông tin về quản lý nhà nước, xây dựng bài giảng sinh động hơn.
Sinh viên Dược trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch được đào tạo theo định hướng sẽ là nguồn nhân lực y tế của bệnh viện trong tương lai. Do đó, bệnh viện là các cơ sở thực hành là không thể thiếu. Khoa luôn liên hệ chặt chẽ và gắn kết với các bệnh viện thông qua việc ký kết bản ghi nhớ với các bệnh viện như Bệnh viện 115, bệnh viện Nguyễn Tri Phương, Bệnh viện Gia Định, bệnh viện Trưng Vương, bệnh viện Thống Nhất, bệnh viện Răng Hàm Mặt Trung Ương, … Đây là các cơ sở thực hành giúp sinh viên Dược để các sinh viên tiếp cận được thực tế, tích lũy kinh nghiệm về hoạt động dược lâm sàng và quản lý dược tại bệnh viện.
Hơn thế nữa, Khoa Dược luôn hợp tác chặt chẽ với các cơ sở sản xuất, kiểm nghiệm, cũng như các công ty phân phối trong con đường phát triển từ dược phẩm đến tay người dân. Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đã hợp tác với Pharmedic trong việc dạy thực tập cho sinh viên. Ngoài ra việc ký kết Viện-Trường là cơ hội cho các sinh viên tiếp cận quy trình đưa thuốc vào thị trường.
Việc phối hợp tổ chức các chương trình cập nhật kiến thức cho các dược sĩ cũng được chú trọng, trong đó việc phối hợp với các công ty dược đã giúp phổ biến chương trình đào tạo của khoa cũng như nâng cao uy tín và vị thế của khoa dược trong khu vực và cả nước.
Sự phối hợp của Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch nói chung và Khoa Dược nói riêng đã với cơ quan, tổ chức hiện nay đã gặt hái được không ít kết quả và góp phần vào sự phát triển của khoa Dược. Vì thế, Khoa Dược cần tập trung phát triển, tăng cường hợp tác để sự phát triển của Khoa Dược ngày càng bên vững hơn.